沖永良部島を治めていた世之主の生母である沖祝女 グジを祭神として昭和3年５月に創建された神社です。
世之主は琉球北山王にルーツを持つ島主です。その昔、沖永良部島のニシミ（下城地区）のノロ（集落の祭祀を司っていた上級神女のこと）が北山王に貢物を持っていくこととなり、付き人として自分の姪にあたるウキヌルという名の美しい娘を連れて行きました。
当時14歳であったウキヌルの美しさに目を奪われた北山王は彼女の帰島を許さず、名前を ヨイグジ（美御前）と改めさせて側においたと言われています。その後ウキヌルは北山王の子供を身ごもったため、16歳で帰島し、数々の困難を乗り越えて男児を出産しました。ウキヌルが産んだその子こそが「永良部世之主真松千代」です。
母の愛を受けて育った世之主は 「水鏡の裁き」「宝刀」など、さまざまな伝承が残る傑物善政を施し島民に慕われましたが、中山王の三山統一に伴い妻子ともども自害し、悲劇の王としても今も語り継がれています。
花沖神社はウキヌルの水鏡を御神体として旧暦の1月14日と5月14日に大祭典を行っています。